Az antibiotikumok helytelen alkalmazásának egyik leggyakoribb esete, hogy az orvos által felírt gyógyszer szedését a teljes kúra vége előtt abbahagyja a beteg, valamint az, hogy a megmaradt pirulákkal egy később jelentkező megbetegedést próbálnak meg házilag gyógyítani. Az emberek többsége természetesnek veszi, hogy az antibiotikumok bármikor rendelkezésre állnak, amikor csak szükség van azokra.
Fontos tudni, hogy minden típusú antibiotikum hatásának kifejtése során nem csak a káros, hanem a szervezetünk számára jótékony baktériumokat is elpusztítja.
Les Dethlefsen és David Relman a kaliforniai Stanford Egyetem kutatói kimutatták a bélbaktériumokra kifejtett káros hatást.  "Az emberi bélrendszer bolygónk egyik legösszetettebb ökoszisztémája" – hangsúlyozták tanulmányukban. Ennek felborulása számos negatív következménnyel jár. Újabban már az orvosok körében is terjed a nézet, miszerint az antibiotikum valószínüleg nagyobb kárt tesz szervezetünkbn, mint amennyire egészségünk hasznára van.

Az antibiotikumok meggondolatlan szedése elősegíti, hogy az egészségromboló baktériumok győzedelmeskedjenek a gyógyszerek felett